Detalhamento do problema

O problema ocorre ao tentar instalar ou atualizar pacotes utilizando o gerenciador de pacotes RPM, onde é apresentada a mensagem de erro:

error: rpmdb: BDB0113 Thread/process 29364/140116298053440 failed: BDB1507 Thread died in Berkeley DB library
error: db5 error(-30973) from dbenv->failchk: BDB0087 DB_RUNRECOVERY: Fatal error, run database recovery
error: cannot open Packages index using db5 -  (-30973)
error: cannot open Packages database in /var/lib/rpm
CRITICAL:yum.main:

Error: rpmdb open failed

Reparando o banco de dados RPM

Para resolver o problema, siga as seguintes etapas.

1 - Realize o banckup do banco de dados RPM atual

mkdir /var/lib/rpm/backup
cp -a /var/lib/rpm/__db* /var/lib/rpm/backup/

2 - Remova os arquivos de banco de dados RPM corrompidos

rm -f /var/lib/rpm/__db.[0-9][0-9]*

3 - Reconstrua o banco de dados RPM

rpm --rebuilddb

4 - Limpe o cache do gerenciador de pacotes

yum clean all

5 - Verifique se o problema foi resolvido

Tente novamente instalar ou atualizar um pacote para verificar se o erro foi resolvido. Por exemplo:

yum update

Conclusão

Após seguir os passos acima, o banco de dados RPM deve estar reparado e você poderá utilizar o gerenciador de pacotes normalmente. Se o problema persistir, pode ser necessário investigar mais a fundo ou considerar a reinstalação do RPM ou do sistema operacional.